Văn phòng các chương trình trọng điểm cấp nhà nước (VPCT) là một đơn vị sự nghiệp thuộc Bộ Khoa học và Công nghệ (KH&CN).Tuy mới được xác định vị trí trong Nghị định số 28/2008/NĐ-CP của Chính phủ ngày 13/3/2008 về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ KH&CN, trên thực tế VPCT đã hoạt động từ tháng 1/2007 theo Quyết định số 2658/2006/QĐ-BKHCN ngày 08/12/2006 của Bộ trưởng Bộ KH&CN.Từ ngày 09/06/2009 VPCT hoạt động theo điều lệ mới ban hành theo Quyết định số 3140/QĐ-BKHCN và 2886/QĐ-BKHCN.
VPCT có nhiệm vụ giúp Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ quản lý hoạt động các Chương trình khoa học và công nghệ trọng điểm cấp Nhà nước giai đoạn 2006-2010. VPCT có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng theo quy định của pháp luật và có trụ sở tại Hà Nội.Hệ thống các chương trình KH&CN trọng điểm giai đoạn 2011-2015 gồm có 16 chương trình đang hoạt động theo các qui chế ban hành theo Quyết định 19/2011/QĐ-BKHCN ngày 26/07/2011 của Bộ trưởng Bộ KH&CN.
Mục tiêu, nội dung nghiên cứu của các chương trình đã được xây dựng dựa trên phương hướng, mục tiêu và nhiệm vụ KH&CN chủ yếu 5 năm (2011-2015) đã được phê duyệt theo Quyết định số 1244/QĐ-TTg ngày 25/7/2011 của Thủ tướng Chính phủ.
Hỗ trợ hoạt động của các chương trình bên cạnh VPCT chương trình có các ban chủ nhiệm (BCN) chương trình. BCN chương trình được thành lập theo quyết định của Bộ trưởng Bộ KH&CN và có nhiệm vụ giúp Bộ trưởng tổ chức quản lý việc thực hiện các chương trình. Các chương trình đều có các trang thông tin điện tử để thông tin về các hoạt động của mình
